上海南汇中学前身为县立“南汇女子初级中学”，创办于1927年。1946年更名为“南汇县简易女子师范学校”，1954年定名为“南汇县中学”，1962年定为南汇县重点中学，2000年更名为“上海南汇中学”。
2003年中共上海市委、市政府决定再建四所寄宿制高级中学，在中共原南汇区委、区政府的关心下，由市、区政府共同出资建设新校区（位于惠南镇学海路288号），并于2004年整体搬迁至新校区。2007年，学校被评为“上海市实验性示范性高中”。
学校先进的教育理念，雄厚的师资力量，科学的管理方法，现代的办学条件，开放的办学风格，优良的办学质量，赢得了社会各界和同行的赞誉。
