交大二附中创办于1994年，是一所由上海交通大学和闵行区人民政府共同规划创办的公办初中。学校毗邻上海交通大学闵行校区，充分依托上海交通大学教育资源进行办学。
2017年3月，上海交大附中及其闵行分校校长徐向东博士兼任交大二附中校长及书记。目前学校由交大附中闵行分校全面接管。一年来，从学校管理、课程设置到师资配备等各方面都得到了交大附中及其闵行分校的大力支持，学校精神面貌焕然一新，办学效果显著上升，受到师生和家长好评。
学校秉承交大附中“依托交大，内实外名”的办学策略和“思源致远，创生卓越”的办学理念，继承发扬“求实、求高、求新”的办学精神，努力将交大二附中建设成具有科技与艺术特色的高品质大学附属初级中学，充分实现初中、高中和大学各学段人才培养“无缝衔接”的理想追求。
